El Sistema excretor son los tubos de Malpighi son alrededor de 100 tubitos que se unen en el intestino delgado formando el principal órgano de excreción de la abeja. En su parte distal están obturados y sus paredes se componen de una simple capa celular.
duce la Malpighamoeba mellificae, causante de la amebiasis, se radica en dichos tubos.
Llevan el nombre en honor de Marcelo Malpighi, su descubridor.
La parte siguiente es el intestino delgado o procedo, un tubo delgado rodeado de fibras musculosas, que presenta 6 pliegues. A poco de su unión con el ventrículo desembocan en él los tubos de Malpighi.
A continuación se halla la válvula pilórica que está formada por el engrosamiento de las paredes del intestino en esa zona. La función de esta válvula es la de regular el pasaje de los materiales del ventrículo hacia el intestino. Al irse reduciendo la sección del intestino delgado, el pasaje del alimento se realiza en forma lenta, lo que permite su asimilación por medio de las paredes celulares.
El intestino delgado desemboca en el recto o ampolla rectal, que es un órgano que al igual que el buche, puede dilatarse apreciablemente para albergar en su interior gran cantidad de materias fecales. Las abejas nunca defecan dentro de la colmena.
Durante el invierno, cuando el tiempo es muy frío, la cantidad de excremento retenida es grande; entonces es posible apreciar la ampolla rectal muy dilatada, hasta el punto de ocupar una gran parte del abdomen
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